ハウステンボスは2021年1月8日、1都3県に対する緊急事態宣言、長崎県に発令された特別警戒警報を受け、営業時間の短縮、一部施設営業の休止を決定した。期間は1月12日から2月7日まで、閉園時間を平日は21時から20時に、土日は22時から20時に短縮。直営ホテルはホテルヨーロッパのみの営業とする。
パーク内のブールンカース、ISラビリンス、健康の館、ナインチェカフェ、光の屋台、海鮮と陶器の城、お宝ショップ、海賊レストラン、花の家、シーフードワーフダムは休業する。
また、ホテルアムステルダム、フォレストヴィラ、変なホテルの直営3ホテルは1月16日から2月7日まで休館を決めた。これらホテルにすでに予約している人に、運営を続けるホテルヨーロッパの客室にアップグレードする。
長崎県は新型コロナウイルスの感染拡大を受け、独自に設けた感染段階のステージを「4」に引き上げ。1月7日から17日まで県外との不要不急の往来を控えるよう要請している。