GoToトラベル運営事務局は、東京発着旅行のキャンセル料の取扱いについて、国の方針に従い、7月10日から7月17日までの間に予約した旅行者は、キャンセル時にキャンセル料を支払う必要がなくなったことから、事業者に対して、キャンセル料を収受しないように要請した。すでにキャンセル料を支払った旅行者は、事業者に返金を求めることができることも周知した。
キャンセル料によって事業者に実損が生じる場合には、現在の GoToトラベル事業の予算から事業者に対し補填することになっている。
また、事務局は、キャンセル料の補填を受ける条件についても明記。事業者は予約記録等を行政機関に提出することなどについて、旅行者に個人情報利用の許諾を得る必要があるため、東京都発着の旅行かどうかの確認のため、募集型企画旅行では予約記録、受注型企画旅行では契約書類、手配旅行では手配記録、宿泊施設による直接販売の場合は予約記録の提出を検討していく。
このほか、旅行者の居住地情報の確認方法については、旅行会社やOTAは、顧客情報、あるいは顧客情報で居住地情報を確認できない場合は、旅行者の運転免許証などで確認する。宿泊施設による直接販売の場合は、旅行者の運転免許証などで居住地情報を確認する。