日本旅行は2019年5月27日、国内全店舗でモバイル決済サービス「LINE Pay」を導入する。決済対象は、海外旅行商品とそれに伴う取扱料金など。QRコードを使った「コード支払い」によってスマホで簡単に支払できるほか、LINE Payのポイント還元プログラムも利用可能となる。
なお、決済上限はLINE Payが定めるアカウント残高上限に準じる。本人確認前のユーザーは最大10万円、本人確認済みユーザーは最大100万円まで。カウンター店舗で取り扱いができないネット専用商品などは対象外。各種値引きを利用する場合や、国内旅行商品、金券類、旅行傷害保険などの購入には利用できない。