政府は2016年8月24日、2016年度第2次補正予算を閣議決定した。国土交通省の予算としては、1兆2257億円を計上。外国人観光客4000万人に向けたインフラ整備や海外展開支援などをおこなう「21世紀型のインフラ整備」に3828億円を充当するほか、熊本地震や東日本大震災に対する復興・復旧支援に合計7872億円を計上。地方の支援に252億円、若い世代の住宅取得支援などを含む「一億総活躍社会の実現の加速」にも305億円を計上した。
「21世紀型のインフラ整備」（3828億円）では、訪日外国人の需要や東アジアへの配船隻数増加にともなう大型クルーズ船の受け入れ環境整備に166億円を計上。航空・空港関連では羽田空港の機能強化に101億円を充当するほか、CIQ（Customs：税関、Immigration：入管、Quarantine：検疫）エリアの拡張、LCCの事業拡大や外国人旅行者増にともなう需要拡大対応策として、操縦士の戦略的確保・育成事業も盛り込んだ。鉄道事業でも、駅のバリアフリー化を推進する。
また、インバウンドに特化した受け入れインフラ整備・加速事業として、ハード・ソフト面での利便性向上に155億円、おもに欧米豪や東アジア市場に向けた地方誘客プロモーション経費として45億円、国営公園などのインバウンド対応にも50億円などを割り当てた。
同時に、財政投融資を活用したリニア中央新幹線・整備新幹線の整備加速や、海外交通・都市開発支援事業も盛り込んでいる。
「地方の支援」（252億円）では、軽井沢スキーバス事故を踏まえた安全対策として、自動車安全特別会計費用2.5億円を計上し、貸し切りバス事業者の安全情報の一元管理や先進安全自動車（ASV）の導入支援などを進める。また、地域鉄道の安全対策促進や鉄道施設の老朽化対策、青函トンネルの機能保全といった鉄道施設の安全対策に39億円を計上している。
「熊本地震や東日本大震災からの復興・復旧、安全・安心、防災対応の強化」（7872億円）では、熊本地震で被害を受けた道路や住宅、各種施設の復旧事業に加え、九州の観光地へのアクセス強化、東北地方へのインバウンド推進による観光復興事業を含めた。
また、「一億総活躍社会の実現の加速」（305億円）では、既存住宅の流通やリフォームの活性化などに加え、子育て世帯を支援する取り組みや良質な住宅整備などを進めることで、社会全体の所得と消費の底上げを目指すとしている。
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