観光庁は2020年2月3日、政府による緊急事態宣言延長が決定されたことに伴い、GoToトラベル事業の全国一律停止を3月7日宿泊分まで継続することを正式発表した。地域共通クーポン利用の一時停止も再延長。電子クーポンのシステムも引き続き停止する。
なお、修学旅行については、これまで3月23日宿泊分まで同事業の適用対象としていた。しかし、緊急事態宣言延長に伴い、新規・既存予約を問わず、全国で2月8日から3月7日宿泊分の適用を一時停止。既存予約は2月12日までの間、無料キャンセルを受け付け、事業者に対してはキャンセル料発生の有無にかかわらず、一律、旅行代金の35％に相当する額（上限は1万4000人円／人泊）を事業から負担する。
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